一定の条件をクリアするとタイトル画面の「はじめから」の上の方に特定のマークが表示されるようになります。
その条件は以下の通り。
・レッドサンマーク（ブルームーンの場合はブルームーンマーク）
１度クリアしてエンディングを見た後に表示されます。
（注：エンディングを見終わるまで電源を切らないこと）
・ＳＯＵＬＣＯＭＰ
ソウルを６種類集めた後にセーブすると表示されます。
ソウルは１周目で３つ、２周目で２つ、３周目で１つ入手できるようになっているみたいなので、
最低３周はプレイしないといけません。
・ＳＴＡＮＤＣＯＭＰ
スタンダードチップのデータライブラリを150種類全て埋めてからセーブすると表示されます。
（データライブラリで見たときに右上の数字が150／150となってる状態でないとダメ）
・ＭＥＧＡＣＯＭＰ
メガクラスチップのデータライブラリを60種類全て埋めてからセーブすると表示されます。
（データライブラリで見た時に右上の数字が60／60となってる状態でないとダメ）
・ＧＩＧＡＣＯＭＰ
ギガクラスチップのデータライブラリを5種類全て埋めてからセーブすると表示されます。
（データライブラリで見た時に右上の数字が5／5となってる状態でないとダメ）
・Ｐ．Ａ．ＣＯＭＰ
プログラムアドバンスのデータライブラリを30種類全て埋めてからセーブすると表示されます。
（データライブラリで見た時に右上の数字が30となってる状態でないとダメ）
・フォルテの胸のマーク
フォルテＳＰを倒した後にセーブすると出現します。
（フォルテＳＰとどこで戦うかについてはこちら参照）
上で紹介したマーク７つが全て表示されるようになった後で３周目以降のデューオと戦うと、
デューオＶ３がデューオＳＰに変化しています。
色が金色に変わってHPは3500まで増え、攻撃力・攻撃速度・レーザーの余波の回数がアップしていますが、
攻撃パターンそのものは殆ど変わっていません。
（倒すのがやっとだったので細かくは確認してないですが、おそらくは。）
デューオＳＰを倒してエンディングを見ると、エンディングが終わった後に
レッドサンとブルームーンでユニゾンできるナビ12体とロックマンが集合した画面が表示されます。
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