| Xバスター |
エックスが最初から使える武器。
ボタンを押し続けることであと一撃で倒せる敵を貫通するチャージショットを撃てる。
（3段階目のチャージショットを撃てるのはアームパーツ装備時のみ）
武器エネルギーを使わないので、無限に使用可能。
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| ノーマル |
前方へショット攻撃。
特殊武器装備中でも△ボタン（デフォルトキー配置の場合）で発射できる。
SFC版と違い、ダッシュ中に撃っても威力は上がらない。 |
| 1段階目 |
通常弾より少し大きく威力の高い弾を発射。 |
| 2段階目 |
1段階目よりも大きく威力の高い弾を発射。 |
| 3段階目 |
＜カメリーオステージで入手できるアームパーツ装備時＞
小さめの弾を正面へ大量に発射するスパイラルクラッシュバスターで攻撃。
SFC版と違い、エックスの背後に衝撃波は出ない。
＜シグマパレス3でゼロからもらえるアームパーツ装備時＞
オープニングステージでゼロが放った赤いショットと同じ形のショットで攻撃。
弾の大きさは2段階目チャージショットとほぼ同じだが、
VAVA（オープニング）を除く全てのボスに対して4ダメージと高い攻撃力を持つ。 |
| ショットガンアイス |
敵や壁に当たると5方向に分裂して広範囲を攻撃する氷弾を正面に発射して攻撃。
他の武器に比べて弾速が速いものの、連射はできず威力もXバスターの通常弾並。
ボス戦以外ではサンダースライマー（マンドリラーステージ中ボス）戦で使える程度。
アイシー・ペンギーゴを倒すと使用可能に。
チャージ版
横長の氷の塊を作り出す。
（SFC版と違い、ペンギーゴの形をした氷ではない）
氷の上には乗ることができ、出した方向へ向かって滑っていくが、
壁などの障害物に当たると壊れる。
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| ファイヤーウェーブ |
正面へバーナー状に炎を放射して攻撃、ボタンを押し続けている間は炎が出続ける。
ただし、水中では炎が出ない。
バーニン・ナウマンダーを倒すと使用可能に。
チャージ版
着弾すると火柱になる炎を発射。
火柱はウェーブ状に地をはって進んでいくが段差や壁に当たると消滅。
ただし、通常版と同じく水中では炎が出ない。
通常版を出し続けたままチャージするとエネルギーが無駄になるが、
他の武器でチャージしてからこの武器にチェンジすれば無駄撃ちを防げる。
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| ローリングシールド |
地をはって進む大きめの丸い弾を発射。
弾は壁に当たると跳ね返り、もう1度壁に当たると消滅。
また、特定の敵の弾を消し去る効果もある。
SFC版と違い、ヘッドパーツの有無で性能が変化することはない模様。
アーマー・アルマージを倒すと使用可能に。
チャージ版
特定の敵の弾を防ぎ、攻撃力もあるシールドをまとう。
シールドは一撃で倒せる敵・防げる弾が当たっても消えることはないが、
一撃で倒せない敵やシールドで防げない弾などに当たるか、
カメレオンスティングのチャージショットを放つと消滅する。
シールド装備中は通常版ローリングシールド以外の武器を使用できる。
耐久力の低い敵が上下から迫って来る場所や、アイテム稼ぎなどに役に立つ。
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| ストームトルネード |
横方向に長い竜巻を発射して攻撃。
竜巻は撃った方向へ敵・障害物を貫通して進んでいく。
貫通性もある上に耐久力のあるザコ敵もたいてい1発で倒せるため、
これを撃ちながら進めば他の特殊武器の出番がほぼないくらいに強力。
ストーム・イーグリードを倒すと使用可能に。
チャージ版
前方に弾を発射し、着弾した位置を中心として縦方向に竜巻を発射。
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| カメレオンスティング |
発射すると3方向に広がっていく弾を発射して攻撃。
方向キーを上下に入れながら撃つことで発射角を調整できる。
スティング・カメリーオを倒すと使用可能に。
チャージ版
敵の体当たり・攻撃とトゲに対して約10秒間無敵になる。
ただし、制限時間内でもローリングシールドのチャージショットを放つと
シールドをまとうために無敵状態が強制解除される。
トゲの多い場所や敵の攻撃が激しい場所でもこれを使えば楽に進める。
SFC版と違い無敵になっている間にカメレオンスティング以外の武器も使用可能。
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| ブーメランカッター |
ブーメラン状に移動するカッターを発射して攻撃。
1度に最大で3連射まで可能で、手元に戻ってくればエネルギーは消費しない。
カッターは地上で撃つかジャンプなどで上昇中に撃つと上回りの軌道で、
空中や壁などから下降中に発射すると下回りの軌道で飛んでいく。
攻撃以外でもアイテムを引っ掛けて取り寄せることもできる。
ブーメル・クワンガーを倒すと使用可能に。
チャージ版
四方に広がるように飛んでいく大きなカッターを発射して攻撃。
通常版のようにアイテムを取り寄せる機能はない。
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| エレクトリックスパーク |
壁や敵に当たると分裂する電撃弾を発射して攻撃。
1度に最大で3連射までできるものの弾速はXバスターよりやや遅め。
スパーク・マンドリラーを倒すと使用可能に。
チャージ版
放電して画面全体を攻撃。
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| ホーミングトーピード |
近くの敵へ自動的に向かっていく追尾ミサイルで攻撃。
ミサイルは障害物をすり抜けて進んでいく。
弾速は遅めなものの最大で2連射までできて、威力はまずまず。
ランチャー・オクトパルドを倒すと使用可能に。
チャージ版
通常版よりホーミング性能は低いものの、障害物をすり抜けて
近くの敵へ自動的に向かっていく魚型の弾を5発同時に発射して攻撃。
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