（オープニングムービーより）
21XX年
自ら考え行動するロボット
レプリロイドが生み出され
人間とロボットは
共に暮らす道をさぐり始めていた
ロボットの社会が広がるにつれ
レプリロイドによる犯罪が増大
これに対応するため
レプリロイドによる警察機構
イレギュラーハンターが組織された
これはイレギュラーハンター
エックスの物語である
◆ステージ開始前
＜オペレーター＞
エックス！
そのエリアの暴動も
イレギュラーが誘導されている
可能性が高いわ…！
＜エックス＞
誘導… やはり シグマか！
◆VAVA戦前
＜エックス＞
きさまは… VAVA！
きさまもシグマの反乱に
加わっていたんだな！？
＜VAVA＞
反乱…？
クククク
そんなもの 知ったことか！
俺は お前が気に食わないだけだ
行くぞ！
◆VAVA戦後
（VAVAがライドアーマーでエックスを掴み上げて）
＜エックス＞
ぐあっ！
＜VAVA＞
…お前の この甘さが
気に入らない…
エックス…！
お前には 何もできん！
お前を倒し シグマを倒し
世界を変えるのは この俺だ！
＜エックス＞
うわああぁっ！
（ゼロが登場、ライドアーマーの腕をチャージショットで破壊してエックスを救出）
＜ゼロ＞
エックス 大丈夫か！？
＜VAVA＞
く… ゼロ…
なぜお前ほどの者が
エックスに肩入れする…？
そいつは ただのＢ級ハンター
に過ぎん！
＜ゼロ＞
VAVA…
今のお前はただのイレギュラーだ
＜VAVA＞
…（舌打ち）
（VAVA、ゼロの追撃をかわすと同時に戦艦に乗って逃げ去る）
＜ゼロ＞
くっ！
＜エックス＞
ゼロ… VAVAは何を…？
＜ゼロ＞
分かっているのは ヤツが
俺たちの敵だということだ…
＜エックス＞
…
＜ゼロ＞
エックス 俺はもう少し
シグマの足取りを追ってみる…
お前はいったん ハンターベース
に戻れ
＜エックス＞
分かった… 後で合流しよう
（背を向けて歩き出すゼロをエックスが呼び止めて）
＜エックス＞
ゼロ…（ボイスのみでセリフ表示はなし）
ありがとう
また 君に助けられた…
（ゼロ、無言で立ち去る）
◆ハンターベースにて
＜オペレーター＞
各地で大規模なイレギュラー反応
を確認！
＜エックス＞
くっ！ シグマの部下たちか…！
＜オペレーター＞
反乱が 本格的に動き出したようです
＜エックス＞
シグマを追うより…
こっちを止めるのが先か！
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