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| 名前 | 有効なボス | 効果 |
| ハイパーロックバスター （R.BUSTER） 
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− | ロックマンが最初から使える武器。 貫通性はないものの、１度に３連射までできます。 また、武器ボタンを押し続けるとあと１撃で倒せる敵を貫通する チャージショットで攻撃できます。 ただ、ロックマン5の時よりもチャージショットの弾は小さくなりました。 武器エネルギーを使わないので、無限に使用可能。 |
| ヤマトスピア （Y.SPEAR）  |
ナイトマン メカザウルス |
槍先を前方に発射します。３連射まで可能。 一部の敵の装甲を無視してダメージを与えられたりもします。 ヤマトマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| ウインドストーム （W.STORM）  |
フレイムマン タンクSC2型 |
地面をはって進む小型の竜巻を発射します。 また、この武器でザコを倒すと空高く舞い上がっていきます。 ウインドマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| ブリザードアタック （B.ATTACK）  |
プラントマン メットンガーX |
雪の結晶を前方広範囲に4発発射します。 発射までが遅く、弾速も遅いので少々使いづらいですが、 意外なところで役に立つことがしばしば。 ブリザードマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| フレイムブラスト （F.BLAST）  |
ブリザードマン ラウンダー2 Xクラッシャー |
床や壁に当たると火柱を上げる炎を発射します。 連射性が高く、攻撃力もなかなかで中ボス戦で役立つかなと。 フレイムマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| プラントバリア （PLANT.B）  |
トマホークマン ラウンダー2 |
花びら型の圧縮エネルギーバリアを出します。 敵の弾を防ぐか敵に当たると消えます。 プラントマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| ナイトクラッシャー （KNIGHT.C）  |
ケンタウロスマン | ある程度進むと手元へ戻ってくる鉄球を発射します。 あと一撃で倒せる敵を貫通し、相手に弾かれても手元に戻ってきます。 また、3方向に撃ち分け可能で、最大2連射までできます。 シルバートマホークと並んでかなり使い勝手の良い武器です。 ナイトマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| シルバートマホーク （SILVER.T）  |
ヤマトマン パワーピストン ワイリーマシン6号 （第一、第二形態） ワイリーカプセル3 |
画面斜め上に向かって緩やかな軌道で飛ぶトマホークで攻撃します。 攻撃力が高い上に最大2連射まで可能と使い勝手のいい武器です。 トマホークマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| ケンタウロスフラッシュ （C.FLASH）  |
ウインドマン | 時空を捻じ曲げ、画面全体の敵にダメージを与えます。 耐久力のない敵が大量に出現するところでは非常に有効。 ケンタウロスマンステージをクリアすると使えるようになります。 |
| ラッシュパワーアダプター （POW）  |
ラウンダー2 | パワーロックマンに変形できます。 パワーロックマン変形時はスライディングができませんが、 攻撃ボタンを押し続けて、赤いゲージをMAXまで溜める事で、 射程は短いですが威力の高い衝撃波付きパンチが撃てます。 パンチはロックバスターで倒せない敵や、ガードする敵を倒す事ができ、 特定の敵を押し返して倒す事もできます。 また、特定のブロックを壊すことも可能です。 フレイムマンステージをクリアすると変形できるようになります。 |
| ラッシュジェットアダプター （JET）  |
− | ジェットロックマンに変形できます。 変形中はスライディングができなくなりますが、 ジャンプボタンを押し続けると、赤いゲージがなくなるまで飛行可能。 プラントマンステージをクリアすると変形できるようになります。 |
| ビート （BEAT）  |
− | 呼ぶと近くにいる敵をサーチして攻撃します。 攻撃能力はロックマン5の時よりも落ちていて、 ボスに対しては全く攻撃しなくなりました。 BEATプレートを4枚全て集めると使えるようになります。 プレートはトマホーク、ヤマト、ナイト、ケンタウロスマンステージで、 特定のルートを進んだ先のボスを倒してクリアする事で入手できます。 プレートの詳しい入手法はステージ攻略の方を参照のこと。 |
| エネルギーバランサー | − | 武器エネルギーを消費しない武器を装備していたり、 装備中の特殊武器エネルギーが満タンの時に、 武器エネルギー回復アイテムを取ると、残りエネルギーが少ない 特殊武器の武器エネルギーを自動的に回復してくれます。 入手法はトマホークマンステージのステージ攻略を参照のこと。 １度取ればなくならないので、取っておいて損はないです。 |