Xバスター
（X.BUSTER） |
エックスが最初から使える武器。
ボタンを押し続けることで敵を貫通するチャージショットが撃てます。
チャージショットは2段階あり、どちらもあと一撃で倒せる敵を貫通します。
また、チャージしてない弾についてはダッシュしながら撃つと威力が上がります。
武器エネルギーを使わないので、無限に使用可能。
チャージ版（3段階目のチャージ）
チャージショットがスパイラルクラッシュバスターになります。
1発の威力自体は低い弾を正面へ大量に発射し、
発射する瞬間にエックスの背後に衝撃波を出します。
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ホーミングトーピード
（HOMING.T） |
近くの敵へ自動的に向かっていくミサイルで攻撃します。
弾速は遅めなものの最大で2連射までできて、威力はまずまず。
真上にいる敵に対して攻撃できるので使い勝手が良いです。
チャージ版
通常版ほどホーミング性能は高くないものの、
近くの敵へ自動的に向かっていく魚型の弾を1度に5発発射します。
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カメレオンスティング
（C.STING） |
発射すると3方向に広がっていく弾を発射します。
チャージ版
一定時間敵の攻撃とトゲに対して無敵になります。
トゲの多い場所や敵の攻撃が激しい場所でもこれを使えば楽に進めるはず。
また、無敵になっている間も通常版のカメレオンスティングを発射可能。
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ローリングシールド
（R.SHIELD） |
地をはって進む大きめの丸い弾を発射します。
弾は壁に当たると跳ね返り、もう1度壁に当たると消滅します。
また、特定の敵の弾を消し去る効果があります。
チャージ版
特定の敵の弾を防ぎ、攻撃力もあるシールドをまといます。
シールドは一撃で倒せない敵や防げない弾などに当たると消滅するものの、
一撃で倒せる敵に対しては耐久力・時間制限はありません。
耐久力の低い敵が上下から迫って来る場所や、アイテム稼ぎなどに有用。
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ファイヤーウェーブ
（FIRE.W） |
正面に炎を放射して攻撃し、ボタンを押し続けている間は炎が出続けます。
ただし、水中では炎が出ません。
チャージ版
着弾すると火柱になる炎を発射します。
火柱はウェーブ状に地をはって進んでいきますが段差や壁に当たると消えます。
ただし、通常版と同じく水中では効果がありません。
通常版を出し続けたままチャージするとエネルギーが無駄になりますが、
他の武器でチャージしてからこの武器にチェンジすれば無駄撃ちを防げます。
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ストームトルネード
（STORM.T） |
横方向に長い竜巻を発射します。
竜巻は撃った方向へ敵・障害物を貫通して進んでいくので、
敵が密集している所や、耐久力のある敵に有効です。
チャージ版
エックスを中心として縦方向に竜巻を発射します。
通常版より一撃の威力は上がるものの、出現時間は短いです。
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エレクトリックスパーク
（E.SPARK） |
壁や敵に当たると上下に分裂する電撃弾を発射します。
1度に最大で3連射までできるものの弾速はやや遅め。
チャージ版
発射した場所から左右へ進んでいく帯状の電撃で攻撃します。
電撃は敵や地形を貫通して進んで行きます。
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ブーメランカッター
（B.CUTTER） |
ブーメラン状に移動するカッターを発射します。
1度に最大で3連射まで可能で、手元に戻ってくればエネルギーは消費しません。
弾は地上で撃つかジャンプなどで上昇中に撃つと上回りの軌道で、
ジャンプや壁などから下降中に発射すると下回りの軌道で飛んで行きます。
また、攻撃以外でもアイテムを引っ掛けて取り寄せることもできます。
チャージ版
四方に広がるように飛んでいく大きなカッターを発射できます。
通常版のようにアイテムを引っ掛けるような機能はありません。
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ショットガンアイス
（S.ICE） |
敵や壁に当たると5方向に分裂する氷弾を発射します。
他の武器に比べて弾速が速いものの、連射できず威力も並。
チャージ版
ペンギーゴの形をした氷を作り出します。
氷の上には乗ることができて、出した方向へ向かって滑っていきますが、
壁に当たると壊れてしまいます。
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エスケープユニット
（ESCAPE.U） |
1度クリアしたステージで使うとその場で脱出できます。
何度でも使用可能。 |