秋原町・校門前にいるデカオ、メトロ秋原町駅入口にいるやいと、公園にいるメイルにそれぞれ話しかける。
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メールを読んでから科学省スクエアにいるブルースに話しかけて、
「オフィシャルパス」をゲット。
※この時点で通常版はミストマンV2、BLACK版はボウルマンV2とネットバトルできるようになります。
最初に戦った時と同じネットバトルマシンの電脳にいます。
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科学省・パパの研究室で炎山に話しかける。
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秋原町でむじんせんしゃの電脳にプラグインし、????（青）3体を倒す。
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パパの病室に行ってママに話しかけた後に、
ベッドを調べて「パパのてがみ」、「カードキー」をゲット。
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パパの研究室に行き、部屋の左上にある扉を調べる。
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ビーチストリートにある船を調べる。
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秋原町・やいとのへやでやいとに話しかける。
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家に帰って寝る。
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パパからのメールを読み、「プロトスコープ」をゲット。
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ビーチストリートにある船の所まで行く。
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モニタールームのエレベーターを調べる。
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WWWの電脳1の奥でフラッシュマンV2を倒す。
※WWWの電脳全てに言える事ですが、プロトにふれると空中を動き回っているキャッチャーに
必ず見つかってしまうので「プロトスコープ」をナビカスに組みこみ、
隠れているプロトを必ず見えるようにしておきましょう。
※フラッシュマンV2を倒した後はトラキチのキングマンV3とネットバトルできるようになります。
※VSフラッシュマンV2
最初に戦った時と殆どパターンは変わっていません。
基本的に2回ワープした後に1回しばらく止まって再び2回ワープ・・・という
パターンの動きを繰り返します。
モーションの大きい攻撃だと外れ易いので止まった所に隙の少ない攻撃を
当てていくと良いと思います。
バンブーソードやプラントマン辺りを使うとかなり楽になるはず。
HPが減ってくるとエリアスチールを使ってこちらのエリアを狭めつつ
最前列から電撃を放ってくるので早めにトドメを刺しましょう。
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ワイリー研究所で左にあるワイリー像を調べてから右にあるワイリー像を調べる。
※ワイリーのパソコンを調べると「マグナム1 V」をゲットできます。
※エレベーターに乗って外に出た先の左に見えるドクロの柱の裏を調べると
エラーナンバー「D2G」のコードが分かります。
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WWWの電脳2でバブルマンV2、デザートマンV2を倒す。
※デザートマンV2を倒した後にデカオのガッツマンV2と、
V2を倒した後にはガッツマンV3とネットバトルできるようになります。
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WWWの電脳3でプラントマン、フレイムマンを倒す。
※両者とも最初に戦った時と攻撃パターンは変わっていませんが、
プラントマン→フレイムマンと連戦になるのでプラントマン戦で
ダメージを蓄積しすぎないよう注意しましょう。
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ワイリー研究所のケーブルが集まっている所を調べて先に進み、
WWWの電脳4の奥でドリルマンを倒す。
※ドリルマンの攻撃パターンは前回と同じです。
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扉の先に進み、プロト内でフォルテ、プロトを倒す。
※プロトに入ってからはセーブできなくなります。
フォルテ、プロト戦はフォルテ戦後にHPは回復しますが連戦になるので、
フォルダやナビカスをきちんと整えておきましょう。
※VSフォルテ
100未満のダメージを無効にするドリームオーラをまとっているので、
まずは100以上のダメージを与えてオーラを壊し、それから攻撃を当てていきましょう。
一撃で100与えないといけないので攻撃力の高いチップを多めに持ってないと辛いです。
ただし、エアバースト連打、パネルを破壊する攻撃の後は
必ずオーラが復活するので、壊すタイミングには気を付けましょう。
エアバースト（エネルギー弾）の単発はそれ程厄介でもないですが
エアバーストの連打バージョンはかなり避けづらいので、
ルークやポーンなど、目の前に障害物を置けるチップで防ぐと良いでしょう。
ポーンならアタック＋10をつけておけばオーラも破れるので一石二鳥です。
HPが減ってくるとこちらの目の前にジャンプして、
縦一列を攻撃と同時にパネルに穴をあける攻撃（アースブレイカー）を放って来るので注意。
フォルテが飛びあがったのが見えたら素早く後ろに離れましょう。
※VSプロト（ある方の掲示板の書きこみを参考にさせてもらいました）
HPが2000とかなり高いので持久戦になるのは避けられません。
HPはなるべく上げて、リカバリー系チップなども入れましょう。
フォルテのオーラ破りの事も考えて攻撃力が高いチップもほしいところです。
まず、敵のコアは攻撃し続けると開き、青色になればダメージを与えられるようになります。
大ダメージより絶え間ない攻撃で開きやすいようなのでバスターの連射力は少し上げておくと楽です。
また、このコアの体力は自然回復していき、一度開いてもしばらく放っておくと
また開きにくくなるのでちょくちょく攻撃していきましょう。
プロトは他のボスと違って無敵時間が発生せず動かないので、
ランダムメテオやバリアブルソードがとても有効です。
特にランダムメテオなら600くらいダメージを与えられます。
バリアブルソードも、左、B、右、Bのコマンドが３発命中すれば480ダメージになります。
他に役に立つチップはいろいろありますが、まずトーテム。
そこそこのダメージを与えられる上に回復も出来ます。
次にポイズンアヌビス。これのポイズン攻撃はコアを無視してダメージを与えられます。
上手く敵の攻撃を誘導してやれば置物は攻撃されずに済むので、
キラーズアイなど、置物は全て有効だと思っていいです。
プログラムアドバンスでは5秒間使い放題のゼータ系の組み合わせがオススメです。
前述のとおり、敵は動かないのでどんどん攻撃できます。
メガキャノンをアルファベット順に並べるゼータキャノン３、（なければキャノン、ハイキャノンでも）
ヨーヨーをアルファベット順にならべるゼータヨーヨーならかなり削れます。
敵の行動パターンはHPが半分以下になるまでは、
だいたい、腕飛ばしを最大で3セット→チャージ攻撃→バルカン砲のローテーションになっています。
ひとつずつ見ていくとしましょう。
・腕飛ばし
基本的にこちらの位置を標準として上からと正面からの２つが来ます。
この攻撃の時は自エリアの真ん中で待ち、上からの腕が来たら後ろへ下がり、
次の正面からの攻撃は上へ移動して、すぐに最初の位置に戻る、を繰り返せば避けられるはずです。
・チャージ攻撃
腕飛ばしを何回かやった後に来ます。
敵がチャージする振りを見せたらすぐに射程外へ逃げましょう。
この時が攻撃する最大のチャンスなので敵の攻撃が終わったらすぐ攻撃しましょう。
ただし敵の残りHPが少なくなるとミサイルを飛ばしてくる事があります。
敵の体力が少なくなったら中央の列の下か上で待って、ミサイルを発射したら敵の方に移動するように。
・バルカン砲
ダメージは少ないですが何回も食らうわけにはいきません。
常に動き回ってかわしていきましょう。
なお、先のチャージ攻撃でエリアの一部がひび割れた時はこの時、
移動するついでに通って壊しちゃいましょう。
ダメージを受ける危険が高くなりますが少量なので気にしない。
ナビカスのエアシューズを持っていれば穴パネルでも気にせず動き回れるので、
持っていれば付けておくと良いでしょう。フォルテ戦でも役に立ちますので。
ちなみにエアシューズの入手法はナンバートレーダーで番号は23415899です。
敵の残り体力が少なくなるとコアが開きにくくなるようです。
体力が少なくなって来たら一気に攻め立てましょう。
また、持久戦なので回復チップも入れておくのを忘れないように。
ロールやトーテムは攻撃と回復の両方が出来てお勧めです。
以上のことから、フォルダに入れるチップはストーンアーム、ヨーヨー、ランダムメテオ、
ポイズンアヌビス、スチールゼリーかエリアスチール（もしくはポーン）を少し、
リカバリーやロール、トーテム、トルネードやバリアブルソード、
バブルマンにフレイムマンなどがオススメかなと思います。
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最初にプロトに入って来た所へ向かう。
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エンディングへ・・・・。
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