2分間入り口を守りきるとロールちゃんから通信が入るので、
入り口の右横にあるレバーにジャンプで捕まって下に引けば、ひとまずミッション終了となります。

最初の内は入り口に向かってくるシタッパーを倒すのに集中。
空中を飛び回るツインマーマンは遠くにいる間は無視しておいていいですが、
入り口付近に来るとバリケード代わりになっている木箱をどんどん運んでいってしまう上に、
しばらく経つとロックの方に向かって来て掴み上げようとしてくるので、
入り口に近づいて来るものについてはホーミングミサイルなどで攻撃して素早く撃墜していきましょう。

1回目と同様に入り口を一定時間守りきればクリアとなりますが、空中を飛び回るグライドドラッヘは無視して、
入り口に向かってくるシタッパーだけを倒していればいいのでこちらの方が楽。
爆弾やバルカン砲についても入り口付近で待っていれば当たる事はまずないです。

1、2回目と違い、入り口を守るのに加えてムッティ（巨大な飛空船）を倒すとミッションクリアとなります。
ここで有効なのが攻撃力を最大まで改造したアースクリーパー。
まず、ミッション開始直後に突撃してくるシタッパーを倒した後、入り口を背にして左の方に進んだところにある橋を、
バスターで攻撃して破壊するとムッティが動き出すので、すぐにジョニーの船の上まで移動しておきます。
あとはムッティが近づくまでロックバスターで攻撃しながら船の上で待っておき、
ムッティが完全に近づいたところで真正面からアースクリーパーを連打。これで一気に倒すことができます。
ジョニーの船は通常一定のダメージを受けると破壊されますが、ロックが乗ってる間は壊れたりしないので大丈夫です。

また、アースクリーパーの代わりにドリルアームを使ってもほぼ同じようにして一気に倒せますが、
立ち位置の調節が上手くいかないとシタッパーに体当たりを食らいやすいです。
ファストアーマーSPを装備していればシタッパーを体当たりで吹っ飛ばせるので、
安全にクリアしたければ装備しておいた方が無難です。

空中を飛び回るグライドドラッヘは完全に無視して、ひたすら屋上の四方から近づくシタッパーを倒していきます。
特殊武器を使うのもよいですが、弾数に余裕がなければ直後のグライドドラッヘエース戦に温存しておきたいところ。
ロックオンに頼りすぎるとグライドドラッヘによってあさっての方向へ向きやすいので、
確実にシタッパーだけを狙えるように移動しながらある程度手動で狙いをつけて攻撃していくとよいでしょう。
シタッパーを一定数倒した上で一定時間屋根を守りきると、自動的にグライドドラッヘエース戦に移行します。

旋回中は攻撃を当てづらいのでバルカン砲を側転でかわしながらやり過ごし、
旋回中に向きを変える時や、動きが止まってこちらに突進してくるまでの間に攻撃を当てていきましょう。
突進はギリギリまで引きつけて側転で回避。
バスターキャノンなら旋回中でも当てやすいので比較的オススメです。

要塞の左脇の扉の前までふたごを連れて行けばいいわけですが、
敵の攻撃を無視して進みきるにはさすがに厳しいので、ふたご達に攻撃が集中してる間に
進路上の邪魔な砲台を倒して少しづつ先へ進んでいくと良いでしょう。
ふたごと共に要塞の左脇までたどりついた後は、ふたごの上にジャンプすれば要塞の中に入り込めます。

ここでは空中を飛び回るグライドドラッヘを全滅させると、次の部屋に進む「扉のカードキー1」が出現。
既に空中の方に行ったものは後回しにして、まずは地上で待機している方を速攻で倒しておきましょう。
空中の方はバスターキャノンか、射程を2段階ほど改造したホーミングミサイルを使うと素早く倒していけると思いますが、
ホーミングミサイルはロックオン状態だとなかなか当たってくれないので、
手動で狙いをつけて相手が向きを変え始めた辺りを狙って撃つといいです。

ここではシタッパーの投げる爆弾が大量に飛んでくる管制塔を攻撃し、
破壊すれば次の部屋に進むための「扉のカードキー2」を入手できます。
まずは管制塔の左右にあるグライドトーチカ（灰色の壁砲台）を潰しておき、
それから飛んでくる爆弾に注意を払いながら管制塔の部分を攻撃していきましょう。

また、管制塔を破壊した後の残骸の陰に「とびきりのチキン」、「ハイラウンダー」が入った
冷蔵庫とロッカーが落ちていますが、グライド要塞をクリアした後でここに来る事は出来なくなるので、
忘れずに回収しておきましょう。

ここではグライドタンク（灰色の戦車）3体を全滅させると、次の部屋に進むための「扉のカードキー3」が出現します。
グライドタンクのバルカン砲は非常にかわしづらく、これといって有効な回避法も安全地帯もないみたいなので、
チマチマ逃げ回るよりもダメージ覚悟で攻撃力の高い特殊武器を連打して一気に倒す方が手っ取り早いです。
特に攻撃・射程・連射をMAXまで改造したアースクリーパーがオススメかと。
改造費も3万ちょいですむのでそれほど負担にはならないはず。

まずはシタッパーとクエルボン（大きい戦闘メカ）を倒しておきます。
クエルボンは建物の陰に隠れつつ攻撃していくと比較的安全に倒せるでしょう。
敵を全滅させたあとは四角い木箱を窓の下に2つ重ねて足場にし、その上からジャンプして塔の中へ入ればOK。
塔の中へ入った後は回復しに戻る事ができないので、万全の状態で望むこと。

まずはこちらに向かってくるシタッパーを倒しておきます。空中を飛び回るグライドドラッヘエースは完全無視で。
門の前にいるグライドタンクには斜め前から攻撃を当て、少し前に動いたのが見えたら
その真横〜斜め後ろに回りこんでしまえば攻撃してこなくなるので、そのまま一気に攻撃して倒してしまいましょう。
グライドタンクを倒したあとはシューを持ち上げ、門のところまで行けばミッションクリアとなります。

ミサイルは全てパラボラ砲に向かってくるわけではなく、いくつかは左右に逸れていくのでそれらは深追いせず、
パラボラ砲へ飛んでくるものは確実に撃ち落せるように、ロックオンを上手いこと切り替えて狙っていきましょう。
パラボラ砲がある程度ダメージを受けると炎上し、修理が一定時間止まってしまいますが、
特殊武器のアクアブラスターで消火してやるとすぐに修理を再開させることができます。

地下3階が水で満たされた状態だとゆっくりと追尾してくる電気弾に加え、
こちらに向かっての体当たりや触れるかしばらくすると大爆発する子供などを吐き出して攻撃してきますが、
地下3階の水を排水しておけば相手は全く移動せず、ただ電気弾を吐き出し続けるだけになります。
なので、楽に倒したければ必ず戦う前に水を排水しておくこと。

1度に3体を相手にすることになりますが、どれか1体に絞って攻撃して1体づつ確実に倒していきましょう。
ロックオン状態で部屋の壁に沿って移動し続けながら攻撃していくのが基本となります。
残り1体になったら飛んでくる電気弾も大分少なくなるので、接近してドリルアームで一気に倒すのもよいかも。

マシンガン攻撃が少々厄介ですが、バンコスカスに密着するくらいまで接近してしまえば、
マシンガンに当たる事はほぼないので、接近したままドリルアームで攻撃し続ければあっさり倒す事ができます。
マシンガンの他にしびれダメージのある浮遊光弾などでも攻撃してきますが、
当たる前にドリルアームでライフを削りきれる場合が多いので、あまり気にしなくてもいいです。

1回目の時と同じく、マシンガン攻撃が当たらない位置まで接近してのドリルアーム攻撃で攻めていきます。
青いレーザー攻撃は接近していると確実に当たってしまう上にダメージも大きいので、
バンコスカスが「うりゃああっ」の声とともに構える仕草をしたら素早く離れ、
こちらに向かってきたレーザーを側転でかわしておきましょう。
追尾してくるリング弾はある程度逃げ続けて接近されたらジャンプで振り切って回避。
1回目と同様に、厄介な攻撃を繰り出される前に相手のライフが尽きる場合が多いですが･･･。

中央の高台の上まで接近したり、ある程度攻撃を当てると仏像を盾にしてくるので、
仏像を壊さないように倒すには物を投げてくる間など、顔を上げてる間を狙って攻撃していく必要があります。
砂中から定期的に出現してくるコブンモールについては一々倒しているとキリがないので、
ロックオンでこまめに位置を確認しつつ、街の4隅にある柱のどれかを盾にしてやりすごしながら戦うとよいです。
特殊武器はミッション中と同様にアースクリーパー、ホーミングミサイル辺りがオススメです。
当たり所が悪いと爆風で仏像まで壊してしまう場合があるかもしれませんが・・・。

相手が盾にする仏像を破壊した場合は、砂に潜って移動しながら時折姿を現して攻撃してくるようになります。
こうなると相手に攻撃を当てづらくなり、倒すのが面倒になるのでできれば仏像は破壊したくないところですが･･･。
相手が砂に潜ってしまった後はとりあえず中央にある広い高台まで移動してそこで待ち、
「ははははっ！」の声と共に姿を現した時を狙って攻撃していきましょう。
砂からジャンプで出てきた際に「くたばれ！」の声と共に発射するミサイルは、
ある程度待ってから降ってくるタイミングに合わせて側転で回避。

岩はコニー（走り回る敵）を投げ当てる以外の方法でダメージを与えてもすぐ回復してしまいます。
自分で投げ当てなくても、コニーを倒してしまわない程度に攻撃して気絶させておけば、
あとはボンとトロンが回収して岩へ投げつけてくれるのでこちらはコニーの処理に専念すればOK。
ちなみに、トロンとボンに攻撃しても倒れたりはしませんが、怒られてしまいます。

溶岩を止める前は上述の通り倒す事はできないので放置して別の部屋へ。
溶岩を止めた後は画面右上にライフゲージが出現し、ダメージを与えていけるようになります。
ただし、この時は部屋に入るとウォージーガイロンを倒すまで出られなくなるので注意。

青い誘導弾は攻撃すれば消せますが、キリがないので増えてきたら一旦立ち止まって消す程度にして、
弾に追いつかれないよう相手の周囲を移動し続けながら攻撃していきましょう。
相手が顔を振り上げたら衝撃波の合図なので、素早く離れるかジャンプで回避。

バルカン砲の時以外はシールドを構えてこちらの攻撃をガードしますが、
ホーミングミサイルなどの爆風を発生する武器ならシールドを無視してダメージを与えられます。
耐久力は大して高くないのでロックオン状態で相手の周りを移動し続けながら、
特殊武器を連発してれば相手の攻撃を気にする暇もなく倒せるはず。
主に攻撃力を改造したホーミングミサイル、アースクリーパー辺りがおすすめ。
ただし、アースクリーパーは接近して撃つか、ジャンプ撃ちでバウンドさせてやらないと当てづらいかも。

封印の鍵を持って逃げていくドリルボンを倒すとミッションクリアとなります。
ボンはダメージを与えるまではこちらに構わずどんどん入り口の方へ向かっていくので、
背後から近づいて持ち上げ、入り口から遠い方の溶岩へ向かって投げ込んでやるとよいです。
溶岩に投げ込んでダメージを与えた後の腕飛ばしは飛んでくる腕にロックオンしておき、
逃げながらロックバスター等で破壊すればＯＫ。
腕飛ばしの後の連続体当たりはボンの位置をロックオン状態で確認しつつ、引き付けて側転で回避。
体当たりが一段落したら目を回して動きが止まるので、再び持ち上げて溶岩に投げ込んでやりましょう。
溶岩に投げ込んで動きが止まったところに、攻撃力をMAX強化したアースクリーパーを連発してやれば
速攻で倒せたりもしますが･･･。
ちなみに、ボンに逃げ切られた場合はゲームーバーになるわけでなく、もう1つのミッションに移行します。

ミッション「封印の鍵を取り戻せ！」でボンに逃げ切られた場合に発生するミッション。
溶岩の中から出現する封印の鍵を持ち上げて、入手すればクリアとなります。
封印の鍵は一定時間出現すると溶岩に沈んでいってしまい、
沈むごとに別の場所に移動するのでロックオンで素早く見つけること。
レジストシューズがないと結構面倒なミッションになります。